L’IHEJ est organisé en cinq pôles d’expertise internationalement reconnus.
Chaque pôle fonctionne sur la base d’un programme de travail pluriannuel dont les orientations sont définies en Conseil d’administration. Chaque programme se décline en activités de recherche prioritaires pour la réalisation desquelles l’IHEJ se charge de réunir et de coordonner les équipes et les financements nécessaires, en France comme à l’étranger.
L’IHEJ conduit par ailleurs un certain nombre d’activités régulières qui lui permettent de nourrir sa réflexion de fond, tel le séminaire annuel de philosophie du droit, et de s’adresser à un plus large public lors de conférences ou publications de toutes sortes.
Il répond également aux commandes de ses partenaires en mettant à leur disposition sa méthode, son expérience et son réseau, dans le cadre d’activités d’étude et de conseil, ponctuelles ou régulières.